故事讲诉了遭受校园暴力的女高中生真子,在图书馆发现了一本有关忍者的儿童书《雷风刃》,这本书成了她唯一的心灵安慰。她的面前出现了书中的忍者西洛和尤亚,带着真子穿越到了江户时代。在伊贺的世界里通过传说中的忍者才藏的指南,真子开始了忍者修行,而《雷风刃》中的反派原田堪助出现在了现实世界